空腹服用的益生菌很可能无法在胃液的不利pH条件下存活。这就是为什么当胃中几乎没有游离酸时，一般在饭后服用益生菌的原因。

 这取决于物种和品系。每种益生菌的有益作用和特性取决于其是什么虫子。没有一条规则适用于所有益生菌。一些市售的益生菌已经过测试，能够承受人胃肠道中的酸度和胆汁盐。胃中食物的存在根本不起作用。